现有国家重点实验室2个，国家工程实验室1个，国家地方联合工程研究中心1个，“一带一路”联合实验室1个，国家级国际科技合作基地1个，国际联合研究中心2个，教育部前沿科学中心1个、教育部重点实验室、工程研究中心、国际合作联合实验室共8个、高等学校学科创新引智基地6个，工业和信息化部重点实验室15个，重点学科实验室2个，科技工业创新中心1个。牵头成立“深海工程与高技术船舶”“核动力安全与仿真技术”协同创新中心，获工业和信息化部认定；“舰船动力”“先进海洋材料”“极地技术与装备”“船舶智能导航与控制”协同创新中心获黑龙江省认定；“核动力安全与仿真技术”协同创新中心获省部共建认定。

学校是我国第七代超深水半潜式钻井平台、两万箱超大型集装箱船、智能船舶核心设计研发单位，为我国首条三体搜救艇、万吨集装箱船、豪华游轮、钻井平台等高新技术船型及深海工程装备研发提供了重要的基础技术支撑。在国内首次完成5艘UUV水声组网；学校研制的悟空号深潜器成功自主下潜至10896m，是目前我国自主下潜最深的无人无缆深潜器；学校研制的非能动安全壳热量导出系统使“华龙一号”达到国际最高安全标准；学校研发的国内首套应用于渤海油气田开发的国产水下生产系统控制模块，实现高端海洋油气装备核心关键技术自主可控；学校联合牵头研发的数值水池虚拟试验系统，获得国际国内双认证向全球发布，有力推动了船舶产业数字化转型；作为国家船用低速机创新工程（一期）关键技术牵头单位，支撑了我国低速机自主化研制；学校研制的深水高精度水下综合定位系统，保障蛟龙号、深海勇士号、奋斗者号多次深潜任务，获国家技术发明二等奖并入选中国高校十大科技进展。学校获得省部级以上科研奖励150余项。

1999年，学校建立质量管理体系，并于2001年通过中国新时代认证中心质量管理体系三方认证和海军质量体系二方认定，成为国内首家“双认证”高校。2008年，学校首次取得生产许可证和承制单位资格审查资质，2018年，学校首批通过质量管理体系和承制单位资格“两证合一”审查，并获得资质范围覆盖学校大多数工科学院，学校质量体系建设成绩明显。